סטודנט לדוקטורט חייב ב 12 נ"ז של קורסים כפי שמפורט בתקנון לתלמידי מחקר. מכסה זו כוללת קורסי חובה על-פי הפירוט הבא.

קורסי חובה

1. סדנה לתלמידי דוקטורט שלב א'", מספר קורס: 37888, שנתי, 2 נ"ז, פעם בשבועיים. יש להשלים את לימודי קורס זה במהלך שלב א'. דרישה זו הינה דרישה פנימית של בית הספר לחינוך ואכיפתה באחריות בית הספר לחינוך. עיקרה של הסדנה עוסק  באופן ההכנה של הצעת מחקר, מתוך דיון בהצעות המחקר אותן כותבים הסטודנטים המשתתפים בסדנה. יושם דגש על ניסוח שאלת המחקר, השערות המחקר ותכנון תכנית המחקר, כמו גם על כישורים אקדמיים "רכים".
   קרדיט: השתתפות פעילה, על בסיס נוכחות מלאה, השתתפות פעילה בדיונים, הצגה של הצעת המחקר בפני משתתפי הסדנה במהלך השנה, והצגת ההצעה בפני כלל החוקרים והמנחים בכנס המחקר של ביה"ס לחינוך.
2. קורס בכתיבה אקדמית לתלמידי דוקטורט. קורס זה יועבר בשלוש גרסאות שונות והמתאימות למחקר איכותני, כמותני ועיוני. הכתיבה בקורס תהיה באנגלית. הקורסים השונים ינתנו לסירוגין, כל אחד מהם פעם בשנתיים. יש להשלים את לימודי קרוס זה  במהלך הלימודים בשלב ב'. קרדיטה: השתתפות פעילה.

קורסי השלמה

1. הוועדה התחומית רשאית לבקש לימודי השלמה מסטודנטים שאינם בעלי תואר שני בחינוך אשר לא למדו קורסים מקבילים לקורסים מספר 34886 או 37503  או 37803. הוועדה יכולה לבקש להשלים  אחד או שניים מקורסים אלה על פי נושא המחקר. קורסים אלה לא יכללו במכסה של 12 נ"ז של הדוקטורט.
2. סטודנטים לתואר שלישי אשר לא למדו בתואר השני קורס מתודלוגי מתקדם ("שיטות סטטיסטיות מתקדמות במחקר בחינוך", מספר קורס: 37806 או "שיטות סטטיסטיות מתקדמות במחקר פסיכולוגי", מספר קורס: 34878) וכן לא למד קורס "עיבוד נתונים ב-R", קורס מספר 37818, ולא למד קורס "מבוא לעיבוד נתונים ב-R", קורס מספר 37864, ומחקרם הוא בתחום הכמותני ידרשו ללמוד קורסים אלה.
3. סטודנטים לתואר שלישי אשר לא למדו בתואר השני קורס מתודלוגי מתקדם ("לנתח, לפרש, ושוב להתבונן: מחקר איכותני בחינוך למתקדמים", קורס מספר 34847) ומחקרם הוא בתחום האיכותני ידרשו ללמוד קורס זה.
4. סטודנטים לתואר שלישי אשר לא למדו בתואר השני קורס מתודולוגי מתקדם ("מתודות בקריאת טקסטים עיונים במדעי הרוח", קורס מספר 63620) ומחקרם הוא בתחום ההגותי – טקסטואלי ידרשו ללמוד קורס זה.

חובות נוספות

1. כל סטודנט בשלבים מתקדמים של שלב ב', יצטרך לקראת סיום הדוקטורט להציג את עבודתו בכנס המחקר השנתי של בית הספר לחינוך. יש חובת נוכחות בכנס המחקר השנתי במהלך לימודי הדוקטורט. דרישה זו הינה דרישה פנימית של בית הספר לחינוך ואכיפתה באחריות בית הספר לחינוך.
2. השתתפות בסמינר שבועי במהלך שלב ב' במשך שנת לימודים אחת. קרדיט: השתתפות פעילה.