בתכנית מתקיימת עשייה מחקרית ענפה במגוון הנושאים הבאים

• יזמות חינוכית 
• מנהיגות 
• ביזור וניהול עצמי 
• מדיניות חינוך 
• תכנון חינוך 
• בחירה בחינוך 
• שינוי בארגוני חינוך 
• אתיקה בניהול בית הספר
• רשתות ארגוניות 
• הדרכה ופיתוח כוח אדם
• ניהול בזמן משבר
• למידה ארגונית
• היבטים קוגניטיבים בחקר מינהל החינוך

לפירוט נושאי המחקר ומנחים אפשריים בתכנית: פרופ' אדם ניר, פרופ' אורי איל וד"ר רימאא דעאס.