מועמדים שציוניהם אינם עומדים בתנאי הסף מבחינת ממוצע הציונים, אולם לא רחוקים מהם, יגישו לוועדה התחומית של ביה"ס לחינוך מכתב מהמדריך בו ינומק מדוע המדריך מעוניין לקבל את המועמד. במקרה בו החריגה מתנאי הסף מתייחסת לממוצע הקורסים של התואר השני, מתבקש המועמד והמדריך להציע תכנית השלמות של קורסים מתוכנית הלימודים של תואר שני. המועמד יצטרך להשלים את תכנית ההשלמות בציון ממוצע של 90, וציון מינימאלי של 85 בכל אחד מהקורסים. תכנית זו צריכה לקבל את אישורה של הוועדה התחומית. לאחר אישורה של תכנית ההשלמות תוכל הוועדה להמליץ בפני הרשות לתלמידי מחקר לקבלו ללימודים במעמד של 'מתמחה למחקר'. לאחר השלמת הלימודים של תכנית ההשלמות ועמידה בתנאים שפורטו למעלה, יוכל התלמיד להגיש בקשה להירשם ללימודי דוקטורט.

במקרים בהם החריגה מתנאי הסף מתייחסת לציון של עבודת הגמר, יתבקש המועמד לכתוב מסמך עיוני שיהווה הרחבה של הפן התיאורטי של קדם ההצעה. לאחר אישורו של מסמך זה על ידי הוועדה התחומית יוכל התלמיד להגיש בקשה להירשם ללימודי דוקטורט.